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一、准备材料
超净工作台，棉花，酒精，镊子；无菌冻存管，mark笔，一次性手套，自封袋；冰或冰袋或干冰，冰盒。以上是粪便收集方法中所用物品，如果取肠道内容物的话另外准备解剖剪等。
二、粪便收集方法
1 超净工作台灭菌15分钟，通风5分钟，酒精擦拭工作台桌面（实在没有超净工作台就尽可能找洁净的场所，尽量避免外源菌污染）;
2 在无菌冻存管管盖和管壁上都写上样品名称，注意，样品名称只能用英文字母或阿拉伯数字或两者的组合，而且字符数不小于3且不大于9；
3 腹部按摩法促使动物（以大鼠为例）在超净工作台排便，至少两粒粪便，每粒粪便保存在一个无菌冻存管中，其中一粒送给北京微生太科技有限公司（简称微生太），另一粒自己保存在-80℃冰箱备用；如果是小鼠，粪便粒数加倍，其他动物粪便量参考大鼠即可；
4 根据分组等情况，将冻存管保存在自封袋中，自封袋缓存在冰上，以避免菌群生长；
5 酒精擦拭工作台桌面，继续取样；
6 样品采集后2小时内保存到-80℃冰箱；
7 所有样品采集完毕后联系微生太取样。微生太将派送干冰到样品所在地，将样品放进派送干冰的泡沫盒，封严后交给物流师傅既可。
三、肠道内容物收集方法
其他步骤参考“粪便收集方法”，第三步参考方法如下：解剖动物腹部，取出肠道，剪开选定的肠段，挤出该肠段的肠道内容物于无菌冻存管中，体积至少相当于两粒大鼠粪便，混匀后分装成两管，其中一管送给微生太，另一管自己保存在-80℃冰箱备用。注意用酒精棉球和酒精灯灭菌后再取下一只动物的样品。
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